这是一个非常经典的问题。简单直接的回答是：没有绝对的“好”，只有“更适合”。选择哪种显微镜完全取决于您的具体应用、观察目标、预算和对结果的要求。
下面我将从多个维度对光学显微镜和电子显微镜进行详细的对比，帮助您做出选择。
核心结论速览
光学显微镜：用于观察微米（μm）级的结构，能看到细胞、细菌等。样品制备简单，可以观察活体，设备相对便宜，操作简便。
电子显微镜：用于观察纳米（nm）级的结构，能看到病毒、蛋白质、原子排列等。分辨率极高，但样品制备复杂，设备昂贵，且只能观察死物。
如何选择？问自己这几个问题：
我需要看多小的东西？
如果需要看整个细胞、组织切片、昆虫等，光学显微镜 足够了。
如果需要看细胞器、病毒、纳米颗粒、材料的晶体结构等，必须使用电子显微镜。
我的样品是什么状态？
如果是活的生物样品（如需要观察细胞运动），只能选择光学显微镜（如共聚焦显微镜）。
如果样品是干燥的、稳定的金属、陶瓷、或经过特殊处理的生物组织，可以考虑电子显微镜。
我需要得到什么样的信息？
如果需要了解样品的颜色、大致形态和动态过程，选光学显微镜。
如果需要获得超高的表面细节（SEM）或内部的原子级结构信息（TEM），选电子显微镜。
我的预算是多少？
一台高端光学显微镜可能在几十万人民币级别。
一台电子显微镜的起步价通常在数百万人民币，高端型号可达千万。此外，运行和维护成本也非常高。
我对操作简便性有要求吗？
光学显微镜就像一台“高级相机”，学习门槛低。
电子显微镜需要专业的操作人员和特定的实验室环境。
特殊情况：新型光学显微镜技术
值得注意的是，近年来出现了一些超分辨率光学显微镜技术（如STED, PALM/STORM），它们突破了光的衍射极限，分辨率可以达到20-30纳米，填补了传统光学显微镜和电子显微镜之间的空白。但它们仍然无法替代电镜的原子级分辨率，并且设备也非常昂贵。
总结
光学显微镜是生物学、医学和常规材料分析的“主力军”和“入门工具”，它让我们看到了微观世界的基础。
电子显微镜是探索纳米尺度和原子世界的“终极武器”，它揭示了物质的更深层奥秘。
打个比方：
光学显微镜 就像一台 高清数码相机，方便快捷，能拍出漂亮的风景和人物照。
电子显微镜 就像一台 大型天文望远镜，能让你看到遥远的星系，但使用复杂，无法用来拍日常照片。
